Choroby oraz szkodniki to codzienność jak i w naszych klasycznych ogródkach tak jest też przy hodowli marihuany, lecz należy nauczyć się z tym walczyć.
Szczególną uwagę należy zwracać na: mączniaki, roztocza szerokie, grzyby, mszyce…itd. Jak wiadomo można zwalczyć owady różnymi sposobami, sposobów jest kilka: mechaniczne, biologiczne, chemiczne. Rozmnażaniu szkodników może pomóc regularne stosowanie pestycydów. Zarówno istnieją naturalne sposoby na walkę z szkodnikami np. osy które zjadają owady niszczące naszą roślinę. Pamiętajmy również przy stosowaniu naturalnych metod nie należy stosować żadnych substancji chemicznych. Więcej informacji dotyczących pozbycia się niechcianych owadów można przeczytać w artykule: Sposoby na pozbycie się szkodników z naszego ogrodu.